『アクアスフィア』のゲームボードは 2 つのエリアに分類される。ひとつは 6 つの区画に分かれた研究所。実験室では科学者が実験を行っており、指令室ではエンジニアがロボットを操作しています。
ゲーム中、プレイヤーは自分のターンにさまざまなことを実行します。
例えば、エンジニアを指令室で使用して、ロボットにプログラムを組み込むことで、毎ラウンド 3~7 つのアクションを実行させることができます。科学者はロボットを区画へ持ち込むことで、アクションを行います。
研究所を拡大するようなアクションを行うには、探査潜水艇を送り込んでクリスタルを採集し、海洋生物の調査をし、チームの能力を高め、知識ポイントを集めることで勝利を目指します。追加の挑戦の結果は研究所の規模により変わり、個人の資産で変わります。プレイヤーは自分の研究所を拡大することができ、生命維持も容易になりますが、反面コストは上昇します。
『アクア・スフィア』は戦略性と戦術性のそれぞれが必要な、勝利への道筋が一つとは限らない、計画しそれを実行する技術が求められる、長期的な展望と短期の利益を考えなければならないゲームです。